Koostöö MTÜdega ja nende toetamine on Põhjamaade Ministrite Nõukogu Läänemere piirkonna tegevustes keskel kohal.
Põhjamaade Ministrite Nõukogu Eesti esinduses tegeleb MTÜde ja neile suunatud toetustega Merle Kuusk. Eesti MTÜd saavad Põhjamaade Ministrite Nõukogult taotleda toetust kahest programmist:
- Põhja-Balti MTÜde toetus (2016. aastal on tähtajaks 15. märts),
- Põhjamaade Ministrite Nõukogu Läänemere piirkonna MTÜde toetus (2016. aasta taotlustähtaeg avaldaks aasta alguses).